Am 5. Juli 2010 fand im Dom St. Nikolai zu Greifswald die Unterzeichnung einer Trägervereinbarung zur Greifswalder Bachwoche statt. Träger des Festivals sind künftig die Pommersche Evangelische Kirche und die Ernst-Moritz-Arndt-Universität Greifswald im Zusammenwirken mit dem Land Mecklenburg-Vorpommern, der Universitäts- und Hansestadt Greifswald und dem Kirchenkreis Greifswald.
Seit der 1992 erfolgten Eingliederung des Instituts für Kirchenmusik der Pommerschen Evangelischen Kirche in die Ernst-Moritz-Arndt-Universität Greifswald ist die Universität bereits praktisch in die Mitträgerschaft der Greifswalder Bachwoche eingebunden. Dem Institut obliegt maßgeblich die Ausgestaltung der Greifswalder Bachwoche, deren Künstlerischer Leiter ist der für die Chorarbeit zuständige Hochschullehrer. Ebenso hat sich über mittlerweile zwei Jahrzehnte ein umfassendes fruchtbares Zusammenwirken mit dem Land Mecklenburg-Vorpommern und der Stadt Greifswald entwickelt, die sich unter anderem in einer großzügigen finanziellen Förderung für die Projekte der Bachwoche ausdrückte. Der Kirchenkreis Greifswald trägt die Bachwoche ebenfalls durch finanzielle und praktische Hilfe mit.
Mit der Trägervereinbarung wird nunmehr eine umfassende Vereinbarung geschaffen, die die Vertretung aller Träger im Kuratorium, dessen Aufgaben und Befugnisse sowie die Finanzierung und Außendarstellung der Greifswalder Bachwoche regelt. Dabei trägt die Pommersche Evangelische Kirche wie bisher die finanzielle Letztverantwortung und bleibt Anstellungsträgerin für die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter der Greifswalder Bachwoche. In der Trägervereinbarung werden ansonsten keine finanziellen Leistungen oder Kostenanteile festgeschrieben, die die Träger und ihre Gremien binden würden.
Die Trägervereinbarung regelt zudem die Zusammenarbeit mit weiteren Kooperationspartnern wie den Greifswalder Kirchengemeinden, dem Norddeutschen Rundfunk, der Sparkasse Vorpommern oder der Gesellschaft zur Förderung der Greifswalder Bachwoche e.V..